代々木は１９０６年（明治３９年）に甲武鉄道（こうぶてつどう）の駅として開業しました。
同年、甲武鉄道が日本鉄道とともに国有化され、現在の中央本線の駅となります。
その後、１９０９年（明治４２年）に山手線の停車駅となりました。
現在は山手線と中央・総武線各駅停車が停車し、中央線快速・埼京線・湘南新宿ラインおよび特急列車は停車しません。
２０００年（平成１２年）からは都営地下鉄大江戸線の接続駅となっています。

代々木の駅名は、近隣にあった旧代々木村に由来します…