土曜ワイド劇場枠で、水谷豊が主演していた『探偵事務所』シリーズの原作が残り一本になった時点で、同作のプロデューサー松本基弘により、水谷主演の新シリーズというコンセプトで企画が立ち上がった。その時点で松本に明確なアイディアは全く浮かんでいなかったが、たまたま目にした明石家さんま主演のテレビドラマ（『恋のバカンス』(1997年、日本テレビ)だったかと回想している）の面白さに感銘を受け、そのドラマの脚本を務めた輿水泰弘にコンタクトを取り、輿水も了承したが、輿水のスケジュールが1年先まで埋まっており、水谷も納得した上で撮影開始まで1年半待つことになった[4]。そしてまもなく土曜ワイド劇場枠で同じく松本がプロデュースしていたシリーズの主演を務めていた寺脇康文と松本が打ち合わせした際に寺脇が水谷に憧れている話をし、水谷との共演を希望したことから、まもなく水谷と寺脇のコンビものという企画に決定する

特命係・杉下右京
　特命係の設定は企画に今日性が欲しいという要望から、名探偵的な要素と警察ものを合わせて名前だけはかっこいい窓際部署でシリアスな裏設定かあると、輿水が考えついて生まれたものである。そこに追いやられた右京もまた輿水により、切れ者すぎて嫌われているという人物像が設定された。
輿水は右京のキャラクターについて水谷が常に敬語の慇懃無礼なキャラを嫌味なく演じてくれたら面白そうだったからと語っている。また右京の造形にはシャーロック・ホームズやエルキュール・ポアロのような名探偵ものの線で構成し、ネチネチ犯人を追い詰めたり、回りくどい言い方をする部分は『刑事コロンボ』からインスパイアされた。右京の名前の由来は『パパと呼ばないで』の石立鉄男演じる安武右京から発想され、パソコンであれこれ打ってしっくりきた苗字があてられた。
なお、警視庁には、略称ではあるが「特命係」と呼ばれる部署が警備部内に実在している[要出典]。劇中のエピソードでは刑事部の所属となることに刑事部が反発したため、しかたなく本庁内でも（作中設定として）ランクが低い生活安全部に押し付けたということになっている（生活安全部は本来、被害予防が主な業務）。

＜初代相棒＞
　亀山薫を演じる寺脇康文がpre season 第1話からseason7 第9話までの長きにわたり務めたが、設定上は組織に不要な人間を右京の下に就けて自ら辞めさせる様に仕向ける部署であった筈の特命係に8年も居続けるというリアリティの欠如や、亀山薫という人間のリアルを考えた時に「ずっとこのままでいい」とは思わないだろうという思いから、season7を以て薫を卒業させるという展開を迎えることになった。

＜2代目相棒＞
　神戸尊役として、一度はゲストとしての起用を考えられ、映画『日本沈没』で無精ひげを生やした潜水艦乗りを自然に演じている様子から、ニュートラルに芝居に臨めること、なおかつどういうふうになるか読めないキャラであることが決め手となり、及川光博がseason7最終話より演じることとなり、season10 最終話で卒業した。

＜3代目相棒＞
　甲斐享役としてseason11より成宮寛貴が起用された。元々は2年の約束だったものを水谷や制作陣の申し出により1年延長してもらい、season13 最終話をもって卒業した。

＜4代目相棒＞
　冠城亘役としてseason14からは、反町隆史が起用されることになり、亘は警視庁へ出向してきた法務省キャリア官僚という設定であり、歴代の中で異例の経歴を持つ相棒となった。