クローラがWEBを巡回して集めた情報を元に、Googleは「インデックス」を作ります。このインデックス自体はただのリストです。

そしてそのインデックスに対して、

リンクの貼られ方（狭い意味でのバックリンク）
地域情報
Google+やAuthorShipなどのソーシャル情報
最近のトピックであるナレッジグラフの情報
などなど

を、検索結果に出すものの絞り込みと、検索順位を決定するための「メタ情報的なもの」として加えます。

検索順位の決定要因になっているものもあれば、そうでないものもあります。特に、エンティティなどは、絞り込みの部分ですね。ソーシャルについては不明な部分が多いので、ここは曖昧にしておきます。

それをもとに、アルゴリズムが「検索順位」や「どんな検索結果を出すのか（ローカル情報を入れる入れないなど）」を決めます。

また、アルゴリズムは「関連性のあるサイト（Relevance）」に絞り込んだ上で「順位（ranking）」を決めます。

なのでGoogleにきちんとサイトテーマを伝えることが大事だったりしてきます。この段階でフィルタリングされたらどうしようもないので。

これが基本となる仕組みです。

では、これだけで検索結果が決まるかというとそういうわけでもありません。

検索したキーワード（クエリ）によっては、

画像検索結果がくっついてくる（バーティカル・Vertical）※Verticalは画像検索のみではありません、詳しくはこちら
Google+ローカル（Googleプレイス）など地域情報がくっついてくる（ローカル・Local）
Google+1の情報やAuthorShip情報がついてくる（SOCIAL）

ということがあります。これによって見た目上のランキングが変わります。リランキングされます。ローカルは最も分かりやすいかもしれません。

ローカル情報が大事となれば、最大７つくらいローカル情報が入り込んできます（7-pack）。１ページ目に表示されていたサイトが多数２ページ目に押し出されてしまったりします。

こういった情報の挿入を「順位変動」と捉えるべきかどうかは、意見の別れるところだと思いますが、少なくとも利用者目線では順位は変わっています。なので順位変動と捉えるべきかと思っています。

そしてここに、ペナルティ周りの情報が加わっていきます。

そうすると冒頭の姿になります。

これを見ると、手動ペナルティやリンク否認ツール、パンダ・アップデートやペンギン・アップデートが、今回のハミングバード化には直接関係がないことが分かります。

もちろん、中心となるアルゴリズムが一新されていますので、全体として結果が変わってくる可能性はあります。

ただ「ペンギンは消えた」「パンダはハミングバードに吸収された」といった捉え方は、仕組みを考えると適切ではない、ですよね。