西暦2036年、「コッペリオン」と呼ばれる遺伝子操作により生まれた3人の女子高生が無人の東京を歩いていた。3人は、お台場の原子力発電所で発生したメルトダウンにより死の街と化した東京から生存者を救出するために陸上自衛隊が派遣した、特殊部隊の一員だった。捜索中の3人は、突如鳴った銃声を耳にする。