21世紀初頭、人類は温暖化の影響により地上での版図を大きく失った。そこへ突然、世界各地へ霧と共に謎の超兵器を搭載した第二次世界大戦時の軍艦群が出現。意思を持ち、“霧の艦隊”と呼ばれるその軍艦群に人類は敗北を喫し、制海権を失って海上に出られなくなった。17年後、士官候補生の千早群像とその仲間達は、人類側についた“霧の艦隊”の潜水艦・イ401に乗り込んで、その艦のメンタルモデルであるイオナと共に“霧の艦隊”と戦う。