とある世界の近未来。そこは現実世界とおおむね同じだが、2つの存在が大きく異なっていた。プラスチックに反応して外部から動かせる特質を有した「プラフスキー粒子」と、この粒子を使ってガンダムシリーズのプラモデル「ガンプラ」を遠隔操作して戦わせるシミュレーションゲーム「ガンプラバトル」の存在である。ガンプラバトルは世界中に愛好者を持ち、世界大会も毎年開催されている。その優勝者は、愛用したガンプラとともに名前を全世界へ轟かせるのだ。
そんな世界に生きるガンプラ好きのイオリ・セイは、ガンプラ作りは得意だが操縦はイマイチで、バトルでは敗退続きの少年である。ある日、天才的な操縦スキルを有するレイジと運命的な出会いを果たし、紆余曲折の末にセイがガンプラを作る「ビルダー」の担当、レイジがガンプラを操縦する「ファイター」の担当としてコンビを組み、ガンプラバトル世界大会に出場することになる。2人はセイの友人やライバルたちと、時に戦い時に助け合い、大会を通してガンプラバトルの真髄に近づいていく。