基本的には種を除きまるごと食べて問題ない。日の丸弁当のように米飯のおかずとして添えられることもある。塩味が強すぎる場合塩抜きも行われる。梅干しの身の部分は「梅肉」と呼ばれ、揚げ物に挟み込んで揚げたり和え物にしたりと様々な料理に利用される。梅肉を調味料と混ぜることで梅ソースとなり肉・魚・野菜のソースとしても使える。かつては江戸時代にかけて梅干しを日本酒で煮詰めた煎り酒が調味料として広く使われていた。他、スナック菓子のフレーバーなどにも使われる。日本では食品において単純に「梅」と言った場合「梅干し」のことを指すこともある。
