一般に動画ファイルはサイズが大きいため重複はなるべく避けたほうが限られた容量の節約になります。しかし画像のように類似抽出できるソフトがないため簡単にすませる工夫を模索しています。

検出できたファイル群に、「作成日時が古いファィルを残して選択」でチェックを入れます。
こうすると、既存のファイルが残り、新しく重複したファイルを削除できることになります。

それから捨てる前に手動で最終チェックします。
ファイルをクリックして再生してみます(通常拡張子に関連づけられたプレイヤが起動すると思います。※ 筆者の環境ではメディアプレイヤー等です)

大抵の場合全てを閲覧する必要はなく、最初の映像が同じなら高確率で重複ファイルです。
(経験的にこのチェック作業は慣れるほど速く済ませられようになります。)

チェックが終わったら削除します(その際「ゴミ箱に捨てる」を選択しておくと万が一の時にも元に戻せます)

Icaros という便利なソフトがあります。
殆ど全ての動画ファイルをエクスプローラ上でサムネイル表示できるようにしてくれるソフトです。
これを使うことでさらに視覚的にも動画の整理がしやすくなると思います。