千年ぶりとなる彗星の来訪を一ヶ月後の日本。憂鬱な毎日を過ごしていた山深い田舎町に暮らす女子高校生の三葉は都会への憧れがだんだん強くする。そんなある日、自分が男子になる夢を見る。念願だった都会での生活を思いっきり満喫する。
一方、東京で暮らす男子高校生の瀧も、行ったこともない山奥の町で、自分が女子高校生になっている奇妙な夢を見た。
繰り返される不思議な夢、明らかに抜け落ちている。記憶と時間。二人は気付く。「私/俺たち、入れ替わってる！？」
いく度も入れ替わる身体と生活に戸惑い、現実をすこしずつ受け止める二人。残されたお互いのメモを通して、喧嘩し、相手の人生を楽しみながら、状況を乗り切っていく。しかし、突然、気持ちが打ち解けてきた矢先、入れ替わりが途切れてしまう。
入れ替わりながら、自分たちが特別に繋がっていることに気付いた瀧は、三葉に会いに行こうと決心する。出会うこともない二人の出逢い、始まる。