我らを信じてまっすぐ進め!!　巨人達の言葉を信じ、次の島へと突き進むルフィ達。だが、ナミが病気にかかってしまい、船は一路、医者探しの旅へと向かうが…!?

青っ鼻のトナカイ・トニー・トニー・チョッパーを仲間にしようと試みるルフィ達。だが、過去にあった悲しき出来事が、チョッパーの心に大きな傷を負わせていた…。

国を捨てたかつての王・ワポルと激突するルフィ達とチョッパー。今は亡きDr．ヒルルクの信念の証“髑髏の旗”を守り抜き、国の未来を救う事が出来るのか…!?

遂に辿り着いたアラバスタ。上陸して、一目散にメシ屋を目指すルフィだが、その店には意外な人物が…。一方、事態が深刻化する王国では、B・W（バロック・ワークス）のMr．0が動き出す!!

反乱軍と国王軍はB・W（バロック・ワークス）の扇動を受け、激突寸前!!　一刻も早く反乱を止めるため、Mr．０のいるレインベースを目指すルフィ達だが、罠に落ち、囚われの身となる…。

首都・アルバーナ燃ゆ！　それぞれの想いを無視するかの様に、事態は最悪の状況へと動き出す。この反乱を止める為、ルフィは諸悪の根源・Mr．0に一人挑むが!?

宮殿に辿り着いたビビの前に現れたクロコダイル。彼の口から語られたこの反乱の真の目的とは!?　一方、B・W(バロック・ワークス)と激闘を続けるルフィ一行は、敵の能力に大苦戦!!

宮前広場爆破までのタイムリミットが迫る中、遂にルフィがクロコダイルの元へと辿り着く!!　アラバスタ動乱のすべてを終わらせるため、いざ最終決戦へ臨む!!

クロコダイルとの死闘により、傷付き、ボロボロになったルフィ。だが、仲間との強き絆が、ルフィの身体を突き動かし、激動続くアラバスタに、終止符を打つ!!

アラバスタを出航したルフィ達の前に突然姿を現した意外な人物とは!?――一行は気持ちも新たに航海を続けるが、記録指針が指した次なる目的地は、何と“空”!?

“空島”は本当にあるのか!?　期待と不安を抱えながらジャヤ島のはみ出し者・クリケットの許を訪ねる事になったルフィ達。そこで明かされた“空”への可能性とは!?

やっとの思いで辿り着いた空島は、全てが別世界！　ルフィは冒険心をくすぐられ、ウキウキモード突入のはずだったが、なぜか犯罪者として追われる身となり…!?

不法入国の罪に問われ、神の裁きを受ける羽目になったルフィ達だが、過酷な試練に苦戦必至!!　そしてこの後ルフィ達は、空島最大級の真実を知る事になる…。

神の島に眠る黄金を求め、動きだしたルフィ達。だが、神の島を支配するエネル達と、故郷を取り戻したいシャンディアとの戦いに巻き込まれ、サバイバル状態に!!

空島・神の島を舞台にした麦わらの一味、シャンディア、神の軍団の三つ巴サバイバルも佳境に突入！　神・エネルの予言した5人まで残り僅か！　ルフィ達の運命は…!?