自然素材の家は、従来の家に比べて高くなる傾向があります。標準仕様ではなく、オプションとして追加料金が発生することが多いためです。
しかし注文住宅は、自然素材にかかわらず、どんなレベルを希望するかで工費に大きく差があります。
自然素材の家は、素材は割高ですがオプションはすべて自分で選べるので、工夫すれば安く済む可能性があります。

張り物などの木材の場合、材料が呼吸をしないので結露発生率もあがり、無垢の木のような耐久性がないので経年すれば劣化も目立つ傾向があります。

無垢の木が反ったり伸縮する自然の動きを、「扱いにくい」「よくない」「加工が難しい」という業者もあります。