不妊治療を開始する前に、女性男性共に性欲や性交能力を含め、内分泌、栄養、免疫機能など、妊娠や出産に必要な機能を全体的に確認します。女性は月経周期に応じてホルモンが変動するため、初診時に（月経周期と関係なく）行える検査もありますが、卵胞期／排卵期／黄体期でそれぞれ行う検査もあります。

検査には、基礎体温、血液検査（ホルモン測定）、超音波検査、子宮卵管造影、クラミジア検査、頸管粘液検査、フーナーテスト、精液検査などがあります。これらの検査により、原因となる不妊因子を明らかにします。