水素水の効果は時間がかかるので、長期的な摂取が必須となります。一般的に販売されている水素水は一回分のものを購入しようとすると価格が高く、継続的に摂取するにはそれなりの予算が必要になるのがデメリットです。

一般的に水道直結式の水素水サーバーでは、水道工事が必要となります。工事というと大がかりなもので余計な費用がかかる印象がありますが、ほとんどの工事では、分岐水栓を取り付けるだけの簡単な工事となります。

それでも、工事をしたくない場合には、水道工事の必要のないボトル給水式のタイプの水素水サーバーもあります。ただし、その場合はボトルの取替えの手間がかかります。