乾燥していく過程で反りや曲がり、割れやねじれが生じることがある（あらかじめ乾燥させた無垢材を用いることで、トラブルを防ぐことができる）
色のばらつきがある（印刷されたシート張りの建材と違い、1本1本色合いが異なる）
経年変色が起こる

ビニールクロス壁と比較した場合は、キズは付きやすいでしょう。絵の具など水分を含んだものを壁に飛ばしてしまった場合には、染み込んでしまうこともあります。洗剤を使って汚れを落とすことはできないため、汚れやすい部分では検討が必要です。

「自然素材」は調湿作用によって湿気により伸縮しますし、更には湿気によって変形する場合があります。
「自然素材」は湿気を取り込めば膨らみますし、放出すれば縮みます。
無垢材などは割れやクルイ、反りなどの変形が起こる場合があります。