ぬくもりのある空間づくりには最適な自然素材ですが、いくつかのデメリットもあります。例えば、キズがつきやすいという面があります。特に、無垢材をフローリングに採用した場合、椅子の足や車輪のついたおもちゃなどはキズが付きやすいでしょう。また、水に強い素材ではないため、床の上に水が長時間放置された場合は、傷みやすくなります。

珪藻土や漆喰などの左官壁も、ビニールクロス壁と比較した場合は、キズは付きやすいでしょう。絵の具など水分を含んだものを壁に飛ばしてしまった場合には、染み込んでしまうこともあります。洗剤を使って汚れを落とすことはできないため、汚れやすい部分では検討が必要です。